Resumen Antecedentes: Lycianthes moziniana (Capsiceae, Solanaceae) es endémica y tiene amplia distribución en México. Su apariencia morfológica y la evidencia molecular sugieren tres variedades (L. moziniana var. margaretiana, L. moziniana var. moziniana y L. moziniana var. oaxacana). Hipótesis: Lycianthes moziniana se integra por linajes independientes que corresponden a las tres variedades. Especie de estudio: Lycianthes moziniana (Dunal) Bitter. Sitio de estudio y fechas: México desde 2017 hasta 2021. Métodos: Medimos 11 caracteres de 207 especímenes de herbario. Las diferencias se evaluaron con Análisis Canónico Discriminante (ACD), Distancia al Cuadrado de Mahalanobis (DM) y Análisis Clasificatorio Canónico (ACC). Para las preferencias y divergencias geográficas y climáticas, utilizamos 288 registros y cuatro capas. Resultados: Dos funciones canónicas explicaron el 100 % de la variación morfológica y siete caracteres mostraron poder discriminatorio. Los valores de DM fueron estadísticamente significativos. En tanto, el ACC recuperó tres grupos por encima del 77 %. La evidencia morfológica demostró la distinción de L. moziniana var. moziniana. En contraste, L. moziniana var. margaretiana y L. moziniana var. oaxacana fueron morfológicamente similares. La prueba de identidad mostró diferencias significativas entre los Modelos de Nicho Ecológico (MNE). La evidencia reveló el aislamiento geográfico y climático. Lycianthes moziniana var. moziniana está muy extendida y tiene superposición intermedia con las otras dos variedades. En tanto, Lycianthes moziniana var. margaretiana y L. moziniana var. oaxacana mostraron el menor traslape. Conclusiones: Los datos morfológicos y geográficos sugieren que el proceso de especiación en Lycianthes moziniana es incipiente.

Abstract Background: Lycianthes moziniana (Capsiceae, Solanaceae) is an endemic and widespread species in Mexico. Morphological and molecular evidence suggested three varieties (L. moziniana var. margaretiana, L. moziniana var. moziniana and L. moziniana var. oaxacana). Hypotheses: Lycianthes moziniana is integrated by differentiated lineages corresponding to the three varieties identified. Studied species: Lycianthes moziniana (Dunal) Bitter. Study sites and dates: Mexico from 2017 to 2021. Methods: We measured 11 morphological characters based on 207 herbarium specimens. Discriminant Canonical Analysis (DCA), Mahalanobis Square Distance (MD) and Canonical Classificatory Analysis (CCA) were used to uncover the differences among varieties. For geographic and climatic preferences and divergence, we used 288 records and four climatic layers. Results: Two canonical functions explained 100 % of the morphological variation and seven characters had the highest discriminatory power. In addition, MD was statistically significant. Meanwhile, the CCA recovered three groups at 77 %. The morphological evidence demonstrated the distinctiveness of L. moziniana var. moziniana. In contrast, L. moziniana var. margaretiana and L. moziniana var. oaxacana were morphologically similar. The identity test showed significant differences among Ecological Niche Models (ENMs). The evidence indicates geographic and climatic isolation among the varieties. Lycianthes moziniana var. moziniana is widespread and has intermediate overlap with the other two varieties. Lycianthes moziniana var. margaretiana and L. moziniana var. oaxacana were isolated in different biogeographical provinces and showed the lowest overlap. Conclusions: Morphological and geographic data indicate that incipient speciation is occurring.

Resumen Antecedentes: El bajareque es una técnica de construcción en la que se utiliza un tejido hecho con bambú, cañas, varas, mimbres, agregados con diversos compuestos de tierra local, material vegetal y agua (lodo). En México, existe evidencia arqueológica y actual del uso del bajareque en la construcción de viviendas rurales. En el sitio arqueológico de Los Guachimontones, se ha documentado el uso del bajareque con una antigüedad de 2,400 a 1,500 años. Sin embargo, se desconoce la especie de bambú utilizada. Preguntas y/o Hipótesis: 1) ¿Cuáles especies de bambú de México se han utilizado en la construcción de viviendas rurales con la técnica del bajareque? 2) ¿Cuál especie de bambú probablemente se utilizó en la construcción de viviendas con la técnica del bajareque en la zona arqueológica de Los Guachimontones, Jalisco? Resultados: Nuestros resultados indican el uso de cinco especies de bambú (Guadua amplexifolia, G. paniculata, G. velutina, Otatea acuminata y O. fimbriata) en la construcción del bajareque. Es probable que la especie utilizada en la construcción de viviendas y estructuras cívico-ceremoniales en la zona arqueológica de Los Guachimontones sea Otatea acuminata. Conclusiones: En este estudio, evidenciamos que en México se han utilizado cinco especies de bambú en la construcción del bajareque. De estas, tres pertenecen al género Guadua y dos al género Otatea. Es muy probable que en Los Guachimontones se haya utilizado Otatea acuminata en la construcción de sus viviendas con la técnica del bajareque.

Abstract Background: Bajareque is a construction technique that utilizes a woven structure made of bamboo, reeds, rods, and wickers, combined with various compounds of local soil, plant material, and water (mud). In Mexico, there is archaeological and contemporary evidence of the use of bajareque in housing construction. At the Los Guachimontones archaeological site, the use of bajareque has been documented with an age ranging from 2,400 to 1,500 years. However, the species of bamboo used remains unknown. Questions and/or Hypotheses: 1) Which bamboo species from Mexico have been used in the construction of housing using the bajareque technique? 2) Which bamboo species is likely to have been used in the construction of housing using the bajareque technique at the Los Guachimontones archaeological site in Jalisco? Results: Our results indicate the use of five bamboo species (Guadua amplexifolia, G. paniculata, G. velutina, Otatea acuminata, and O. fimbriata) in bajareque construction. It is probable that the species used in the construction of housing and civic-ceremonial structures at the Los Guachimontones archaeological site is Otatea acuminata. Conclusions: In this study, we demonstrate that five bamboo species have been used in bajareque construction in Mexico. Of these five species, three belong to the Guadua genus and two to the Otatea genus. It is highly likely that Otatea acuminata was used in the construction of housing at the Los Guachimontones site using the bajareque technique.

Abstract Background: The Mammillaria series Stylothelae (Cactaceae) includes 16 taxa distributed mostly among the limits of the Chihuahuan Desert (CD) with the Sierra Madre Oriental and the Transmexican Volcanic Belt (TVB). In Jalisco, four pink flowered species occur at the southwestern end of the CD where it meets the TVB. The boundaries and recognition of three species related with M. fittkaui (M. fittkaui complex) are debatable. Question: Should the taxa of the Mammillaria fittkaui species complex be considered as species? Studied species: Four pink flowered Mammillaria series Stylothelae (M. fittkaui species complex) and M. zeilmanniana as comparative species. Study site: Western Mexico. Methods: Six morphological characters were sampled in specimens from the type locations of three pink flowered species, one locality of Mammillaria sp., and M. zeilmanniana. We used a permutational multivariate analysis of variance on six characters of each of the groups and a discriminant analysis to evaluate the morphological variation among species and to determine the correct classification of each individual. Results: The analyses identified four well defined morphological groups with statistical significance within the Mammillaria fittkaui complex. We recognized M. fittkaui, M. limonensis, and M. manana as species and here describe M. arreolae as a new species from Jalisco. Conclusions: In Cactaceae, morphometry has been useful to establish species boundaries. The Mammillaria fittkaui complex includes four species. Mammillaria arreolae differs from the other species by the shorter tubercles, flowers, and fruits. In addition, it develops more than one hooked central spine per areole.

Resumen Antecedentes: Mammillaria serie Stylothelae (Cactaceae) incluye 16 taxones distribuidos principalmente entre los límites del Desierto Chihuahuense (DC), la Sierra Madre Oriental y el Eje Volcánico Transmexicano (EVT). En Jalisco, cuatro taxones de flores rosas ocurren en el extremo suroeste del DC que confluye con el EVT. Los límites y el reconocimiento de tres especies relacionadas con M. fittkaui (complejo M. fittkaui) son debatibles. Pregunta: ¿Los taxones del complejo de especies Mammillaria fittkaui deberían ser considerados como especies diferentes? Especies estudiadas: Cuatro especies de Mammillaria serie Stylothelae de flores rosas (complejo M. fittkaui) y M. zeilmanniana como grupo comparativo. Sitio de estudio: Occidente de México. Métodos: Seis caracteres morfológicos fueron muestreados en las localidades tipo de las tres especies de flores rosas, una localidad de Mammillaria sp. y M. zeilmanniana. Se utilizó un análisis multivariado de varianza basado en permutaciones en seis caracteres entre los cinco grupos y un análisis discriminante para evaluar la variación morfológica entre especies y determinar la correcta clasificación de cada individuo. Resultados: Los análisis identificaron cuatro grupos bien definidos con significancia estadística dentro del complejo Mammillaria fittkaui. Reconocemos a M. fittkaui, M. limonensis y M. manana y describimos a M. arreolae como una especie nueva de Jalisco. Conclusiones: En Cactaceae, la morfometría es útil para establecer límites entre especies. El complejo Mammillaria fittkaui incluye cuatro especies. Mammillaria arreolae difiere de las otras especies por sus tubérculos, flores y frutos más cortos. Además, desarrolla más de una espina central uncinada por aréola.

RESUMO: O estudo comparou os resultados econômicos entre cinco grupos de bezerros de raça holandesa com pesos vivos de chegada diferente, mas com idades semelhante em confinamento. Os pesos corporais médios de chegada foram 105, 112, 123 e 129 kg (30, 90, 87, 60 e 30 bezerros, respectivamente) com idade de 113 ± 1-d. Os bezerros foram distribuídos em um desenho não balanceado completamente aleatório. Os bezerros foram pesados da chegada ao confinamento e, posteriormente, nos dias 112, 22 e 361 do estudo. Os bezerros foram alimentados com dietas à base de milho floculado. A dieta de adaptação (2,21 Mcal de NEm / kg MS) foi fornecida durante os 112 dias iniciais de ração. Após 112 até o final do estudo todos os novilhos receberam a dieta de terminação (2,27 Mcal de NEm /kg MS). Diante do exposto, foram avaliados dois períodos parciais de alimentação e um período completo (1 a 112, 113 a 361 e 1 a 361 d, respectivamente). O lucro de cada grupo foi estimado subtraindo o custo de compra dos bezerros mais o custo total da alimentação da receita obtida com a venda dos novilhos. O ganho de peso geral e o consumo de ração aumentaram com o aumento do ABW, mas a eficiência alimentar foi melhor para os grupos intermediários ABW (112 e 117 kg), sendo os novilhos com ABW de 112 kg os mais lucrativos (USD 15, 8 a mais do que o grupo de 117 kg.)

ABSTRACT: The study compared the economic results between five groups of Holstein steers with different arrival body weights (ABW) but similar ages in the feedlot. The average ABW were 105, 112, 117, 123 and 129 kg (30, 90, 87, 60, and 30 calves, respectively) with an age of 113 ± 1d. The calves were randomly distributed using an unbalanced design. The calves were weighed upon arrival at the feedlot and subsequently on days 112, 224, and 361 of the study. The calves were fed a steam- flaked corn-based diets. A receiving diet (2.21 Mcal of NEm/kg DM) was provided during the initial 112 days of feeding. From day 112 until harvest all steers received a finishing diet (2.27 Mcal of NEm/kg DM). Because two different diets were used, two partial (day 1 to day 112 and day 113 to day 361), and one full period (day1 to day 361) feeding periods were evaluated. Statistical differences between the final weights of all the groups were observed, which allowed a profit estimation, obtained by subtracting the purchase cost of calves plus the total feed cost from the revenue obtained from the sale of the steers. Overall weight gain and feed intake were higher with increased ABW, feeding efficiency was better for intermediate ABW groups (112 and 117 kg), with the calves with ABW of 112 kg being the most profitable (USD 15.8 more profit than the 117 Kg. group)

ABSTRACT The present study explored the predictive values of milk leukocyte differentials (MLD) as a basis for improving the diagnosis of intramammary infections (IMIs) and subclinical mastitis. Quarter milk samples were collected for bacteriological analysis, quarter somatic cell count (qSCC), and MLD. The MLD were assessed using the cytospin technique, direct microscopic smears, and flow cytometry. The predictive values of each single leukocyte population and useful potential indices that could better reflect immune complexity were also calculated. Changes in the percentage of any leukocyte alone failed to substantially improve the predictive value of qSCC in diagnosing IMIs. Although certain parameters increased the area under the receiver operating characteristic curve (ROC curve) as a result of increased specificity values, a slight reduction in sensitivity was observed. The so-called CD8 complex was a unique parameter which improved both the sensitivity (78.79 %) and the specificity (80.77 %) in IMI diagnosis, resulting in the highest area under the ROC curve (0.87). To diagnose subclinical mastitis, the percentage of macrophages and the sum of the percentage PMNLs and T CD8+ cells divided by the percentage of macrophages showed the highest predictive values (sensitivity = 79.63, specificity = 73.68, and area under the ROC curve = 0.83) in the differentiation of the inflammatory condition status of cows. In conclusion, this study provides further insights into using T CD8+ lymphocytes in diagnosing bovine IMIs, combined with PMNLs and macrophages. The antidromic trend of macrophages vs. PMNLs and T CD8+ lymphocytes due to the increasing qSCCs was crucial to differentiating quarters under both inflammatory and non-inflammatory conditions.

Abstract: Background and Aims: There are seven native bamboo species in the Huasteca Potosina (HP), but the richness of introduced species is unknown. For both groups there is no record of the ecosystem services (ES) they provide. Therefore, the objectives of the study were to record the presence of introduced bamboo species in the HP and to identify the ES of native and introduced species. Methods: Botanical explorations were carried out to visit all the municipalities of the study area; 57 botanical collections were made. In order to know the ES of native and introduced species, observations were made in the field, especially in localities where bamboo is grown and used, and we interviewed 31 key informants. Key results: In addition to the seven native bamboo species in the HP there are 11 introduced taxa (ten species and one variety), all of which are woody culms. Eight species and one variety are native to Asia, one to South America, and one introduced from the state of Veracruz, Mexico. The most widely distributed introduced species are Bambusa vulgaris, B. vulgaris var. vittata and B. oldhamii. The main use of woody bamboo is for construction and the native species most used for this is Guadua velutina. The introduced species are produced for decoration, living fence and construction. Conclusions: In the HP there are 44 ha of commercial bamboo plantations, together with the native species they provide three ES and five uses. The results of this work are the basis for future research on the ES of bamboo in the HP. It is necessary to continue monitoring commercial plantations, since they are increasing; in addition to evaluating the effects of different management practices in plantations and potential uses, especially of native species.

Resumen: Antecedentes y Objetivos: En la Huasteca Potosina (HP) existen siete especies nativas de bambú, pero se desconoce la riqueza de especies introducidas. De ambos grupos se carece del registro de los servicios ecosistémicos (SE) que proporcionan. Por ello, los objetivos del estudio fueron registrar la presencia de las especies introducidas de bambú en la HP e identificar los SE de las especies nativas e introducidas. Métodos: Se efectuaron exploraciones botánicas para visitar todos los municipios del área de estudio; se realizaron 57 recolectas botánicas. Para el registro de los SE de las especies nativas e introducidas se hicieron observaciones en campo, se visitaron comunidades en donde se cultiva y utiliza el bambú y se realizaron 31 entrevistas a informantes clave. Resultados clave: Además de las siete especies nativas de bambú en la HP, existen 11 taxones (diez especies y una variedad) introducidos, todos estos de culmos leñosos. Ocho especies y la variedad son nativas de Asia, una lo es de Sudamérica y otra introducida del estado de Veracruz, México. Las especies introducidas con mayor distribución son Bambusa vulgaris, B. vulgaris var. vittata y B. oldhamii. El principal uso del bambú leñoso es para la construcción y la especie nativa más utilizada para ello es Guadua velutina. Las especies introducidas son producidas para ornato, cerco vivo y construcción. Conclusiones: En la HP hay 44 ha de plantaciones comerciales de bambú; junto con las especies nativas proporcionan tres SE y cinco usos. Los resultados de este trabajo son la base para futuras investigaciones sobre los servicios ecosistémicos del bambú en la HP. Es necesario continuar con el monitoreo de plantaciones comerciales, ya que van en aumento; además de evaluación de los efectos de diferentes prácticas de manejo en plantaciones y usos potenciales, sobre todo de especies nativas.

Abstract: Background and Aims: Parasitic plants represent approximately 1% of the world’s angiosperm diversity. The highest richness of parasitic plant species among angiosperms belongs to Orobanchaceae, the only family with three main nutritional stages: autotrophic, hemiparasitic, and holoparasitic. Hemiparasitic genera are the most diverse, unstudied, and sometimes neglected within Orobanchaceae. Pedicularideae, the largest tribe of hemiparasitic taxa in Orobanchaceae, contains several poorly known genera. One of these is Lamourouxia, a genus of 30 species distributed throughout the Americas, but mostly endemic to Mexico. Due to the lack of knowledge about the biogeographic patterns, endemism, and conservation status of Lamourouxia species, the objectives of this study were to estimate their species richness and endemism, determine the areas of endemism in the Americas, and assess their conservation status. Methods: Applying a taxonomic revision of physical and digitized herbaria specimens, citizen science observations, and scientific open access databases, we conducted biogeographic analyses for the whole genus. Moreover, the conservation status of all Lamourouxia species was assessed following the IUCN Red List guidelines. Key results: The highest species richness, highest weighted endemism, and corrected weighted endemism values occurred in southern Mexico. Three areas of endemicity were distributed throughout western Mexico. Four species were classified as Endangered (EN), and three as Critically Endangered (CR) according to the IUCN risk categories. Endemic and rarely recorded Lamourouxia species were mostly distributed in unprotected areas in the Sierra Madre del Sur, Mexico. Conclusions: The Mexican Transition Zone is the center of diversification of Lamourouxia, and one third of the genus is endemic to this region. It is strongly encouraged to carry out actions to conserve threatened species of Lamourouxia, which are distributed in the Sierra Madre del Sur, the biogeographic province with the highest number of endemic species in Mexico.

Resumen: Antecedentes y Objetivos: Las plantas parásitas representan aproximadamente 1% de la diversidad mundial de angiospermas. La mayor riqueza de especies de plantas parásitas pertenece a Orobanchaceae, la única familia con tres principales niveles nutricionales: autótrofo, hemiparásito y holoparásito. Los géneros hemiparásitos son los más diversos, desconocidos y olvidados dentro de Orobanchaceae. Pedicularideae, la tribu más grande de taxones hemiparásitos, contiene varios géneros escasamente estudiados. Uno de esos es Lamourouxia, con 30 especies distribuidas en América y mayormente endémicas de México. Debido al vacío de conocimiento de los patrones biogeográficos, endemismo y estado de conservación de sus especies, los objetivos de este estudio fueron estimar la riqueza de especies y endemismo, determinar las áreas de endemismo en América y evaluar su estado de conservación. Métodos: Con la revisión taxonómica de ejemplares de herbario físicos y digitalizados, observaciones de ciencia ciudadana y bases de datos científicas de acceso libre, realizamos análisis biogeográficos para Lamourouxia. También evaluamos el estado de conservación de sus especies siguiendo los lineamientos de la Lista Roja de la UICN. Resultados clave: Los más altos valores de riqueza de especies, endemismo ponderado y endemismo ponderado corregido se encontraron en el sur de México. Tres áreas de endemismo se distribuyen en el occidente de México. Cuatro especies fueron clasificadas en la categoría de riesgo de la UICN “amenazada” y tres como “críticamente amenazada”. Las especies endémicas y raramente registradas de Lamourouxia se encuentran distribuidas principalmente en áreas sin protección de la Sierra Madre del Sur, México. Conclusiones: La Zona Mexicana de Transición es el centro de diversificación de Lamourouxia y un tercio del género es endémico de esta región. Se recomienda implementar acciones para conservar las especies amenazadas de Lamourouxia que se distribuyen en la Sierra Madre del Sur, la provincia biogeográfica con el mayor número de especies endémicas de México.

Abstract Background: The topographic and climatic diversity of the Mexican Transition Zone (MTZ) has favored species richness, disjunctions and endemism. Tigridia durangensis is an endemic geophyte with disjunct distribution in the MTZ. Questions and / or Hypotheses: What is the genetic diversity of Tigridia durangensis? Does it have genetic and phylogeographic structure? Were there any changes in its demographic history? Did the Quaternary climatic oscillations affect its area of distribution? Methods: The cpDNA regions ndhF-rpL32, rpL32-trnL, and 3´trnV-ndhC of 55 individuals from 10 populations were sequenced. The genetic diversity and the genetic structure were estimated with Hd, π and F ST. The parameters G ST and N ST determined the phylogeographic structure. The genealogical relationships were inferred with a haplotype net. Phylogenetic hypotheses were generated with Bayesian inference and Maximum likelihood. The demographic history was determined by means of neutrality tests, analyses of mismatch distribution (AMD) and Bayesian skyline plot. The paleodistribution was estimated with ecological niche models (ENMs). Results: Tigridia durangensis showed genetic and phylogeographic structure. Nine haplotypes were identified; H1 and H2-H9 formed two intraspecific lineages. The neutrality tests were not significant. The AMD plot was congruent with the haplotype net. Tigridia durangensis experienced a bottleneck in the recent past and the ENMs displayed a disjunct distribution in all scenarios. Conclusions: In Tigridia durangensis, the bottleneck and the interruption of the gene flow between the haplogroups might have been associated with orogenic processes and volcanism of the Transmexican Volcanic Belt.

Resumen Antecedentes: La diversidad topográfica y climática de la Zona de Transición Mexicana (ZTM) favorecieron la riqueza de especies, la disyunción y el endemismo. Tigridia durangensis es una geófita endémica con distribución disyunta en la ZTM. Preguntas y / o Hipótesis: ¿Cuál es la diversidad genética de Tigridia durangensis? ¿Tiene estructura genética y filogeográfica? ¿Hubo cambios en su historia demográfica? ¿Las oscilaciones climáticas del Cuaternario afectaron su área de distribución? Métodos: En el ADNcp, las regiones ndhF-rpL32, rpL32-trnL y 3´trnV-ndhC en 55 individuos de 10 poblaciones fueron secuenciadas. La diversidad y estructura genética fueron calculadas con Hd, π y F ST. Los parámetros G ST y N ST estimaron la estructura filogeográfica. Las relaciones genealógicas fueron estimadas con una red de haplotipos. Hipótesis filogenéticas fueron inferidas con Inferencia bayesiana y Máxima verosimilitud. La demografía histórica fue determinada con pruebas de neutralidad, análisis de distribución de diferencias pareadas (ADDP) y de graficas de líneas de cielo bayesianas. La paleodistribución fue estimada con modelos de nicho ecológico (MNE). Resultados: Tigridia durangensis mostró estructura genética y filogeográfica. Nueve haplotipos fueron identificados, H1 y H2-H9 formaron dos linajes intraespecíficos. Las pruebas de neutralidad no fueron significativas. El gráfico ADDP fue congruente con la red de haplotipos. Tigridia durangensis experimentó un cuello de botella durante el pasado reciente. Los MNE estimaron una distribución disyunta en todos los escenarios. Conclusiones: Un cuello de botella y la interrupción del flujo genético entre los haplogrupos de Tigridia durangensis parecen estar asociados a procesos orogénicos y al volcanismo de la Faja Volcánica Transmexicana.

Abstract This research studied the use of evaluations in a Public Agricultural Research Center. An analysis of institutional documents was combined with an ethnographic approach to gain access to the information. It was identified that evaluations of the work of this institution had three purposes: to verify the quality of projects before their approval, to give an account of the academic outputs obtained, and to evaluate the performance of researchers. No evaluations were made to estimate the changes generated, or to provide feedback on the projects in order to improve them. The university to which the center belongs needs to reform its evaluation system, so that it measures the public value generated through agricultural research projects. In view of this, a proposal is presented.

Resumen La investigación estudió el uso de evaluaciones en un Centro Público de Investigación Agrícola. Para acceder a la información se combinó el análisis de documentos institucionales con un enfoque etnográfico orientado al aprendizaje. Se identificó que las evaluaciones tienen tres propósitos: verificar ex ante la calidad de los proyectos, rendir cuentas con base en la productividad académica y tomar decisiones laborales sobre el personal académico. No se hicieron evaluaciones para estimar los cambios generados, ni para retroalimentar los proyectos con la finalidad de mejorarlos. Para medir el valor público generado mediante los proyectos, es necesario reformar el sistema de evaluación utilizado por la universidad a la que pertenece el Centro. En este sentido, se presenta una propuesta de mejora procedimental.

Resumen México tiene alrededor de 23,300 especies de plantas vasculares, la mitad de ellas endémicas, y es el tercer país en riqueza de especies del continente americano. La riqueza se puede entender a través de listados y floras y las relaciones evolutivas. El listado de especies y los metadatos de las secuencias depositadas en GenBank pueden ayudarnos a determinar el grado de representación de la flora vascular de México, considerando estudios taxonómicos y sistemáticos. Formulamos ocho preguntas relacionadas con aspectos biológicos, indicadores bibliométricos, métodos y marcadores utilizados en estudios filogenéticos con especies distribuidas en México. Se extrajeron los metadatos de GenBank utilizando Datataxa y la lista de especies vasculares de México publicadas en taxonomía y sistemática. La selección, filtrado y estadísticos se obtuvieron con scripts creados para este trabajo. Un total de 12,589 especies tienen registro de secuencias en GenBank, publicadas en 3,807 artículos. La revista Systematic Botany tiene más de 400 publicaciones. El número de autores varió entre 1 y 6. El factor de impacto promedio fue de 1.64. Magnoliophyta, Poales y Poaceae son las categorías taxonómicas con más artículos publicados. Parsimonia e ITS son el método y el marcador más utilizados, respectivamente. Analizamos la importancia de México como repositorio biológico para comprender la evolución de las plantas en la ciencia global. Este es el primer estudio sobre la importancia que tiene la flora de un país en los trabajos filogenéticos. Falta muestrear numerosos grupos, pero principalmente las especies endémicas que pueden contribuir a resolver diferentes linajes en la filogenia.

Abstract Mexico has over 23,300 vascular plant species, half of which are endemic, and ranks third in species richness in the Americas. Compiling checklists and floras, and examining phylogenetic relationships are the ways we develop a better understanding of species richness. The plant checklist and the metadata of the sequences in GenBank can help determine how well represented Mexico’s vascular flora is, using the taxonomic and systematic studies done in Mexico and internationally. We formulated eight questions related to biological aspects, bibliometric indicators, methods, and the markers used in phylogenetic studies for species distributed in Mexico. The list of Mexico’s vascular species published in taxonomy and systematics articles was used to extract GenBank’s metadata using Datataxa. The selection, filtering, and descriptive statistics were obtained with scripts designed for this study. We found that 12,589 species have sequence records in GenBank, published in 3,807 articles. The journal Systematic Botany has more than 400 publications. The number of authors ranges from 1 to 6. Average impact factor was 1.64. Magnoliophyta, Poales, and Poaceae have the highest number of published articles. Parsimony and ITS are the most widely used method and marker, respectively. We explore the importance of Mexico as a biological repository for understanding the evolution of plants in global science. This is the first study on the importance of a country’s flora in phylogenetic work. Numerous groups and endemic species lack sequencing data that could contribute to the resolution of different lineages in the phylogeny.

Abstract Background: Sporadic flowering contributes significantly to genetic diversity and connectivity among populations. Woody bamboos present sporadic or gregarious flowering patterns with long flowering cycles. In this study, we analyze the genetic diversity of three Guadua species distributed along the Gulf of Mexico slope that have different patterns of flowering. Questions: (1) Are the three Guadua species genetically differentiated? (2) Does the vulnerable species G. inermis have low levels of genetic diversity? (3) What is the relative contribution of geographic and environmental factors to the genetic structure of G. inermis? Species studied: G. amplexifolia, Guadua inermis and G. tuxtlensis. Study site and dates: During 2014 and 2015, we collected samples of G. inermis in Puebla and southeastern Mexico, G. amplexifolia in Veracruz and Oaxaca, and G. tuxtlensis in southern Veracruz. Methods: We successfully amplified five of nine SSR markers, and genotyped a total of 155 samples. Results: The three Guadua species were genetically differentiated. For G. inermis, we found high levels of population genetic diversity, which are relatively higher than those of other monocot species. Genetic differentiation was high and three groups were detected: north, central and south. We found a significant association between genetic distances and the maximum temperature of the warmest month, but not with geographic distance. Conclusions: Our study is the first to analyze levels of genetic diversity in Mexican bamboos and confirms their taxonomic identity. G. inermis has a strong genetic structure, even when populations are geographically close.

Resumen Antecedentes: La floración esporádica puede influenciar la estructura genética de las poblaciones. Los bambúes presentan patrones de floración esporádica o gregaria. En este estudio analizamos la diversidad genética de tres especies de Guadua con diferentes patrones de floración distribuidos en la Vertiente del Golfo de México. Preguntas: 1) ¿Están las tres especies de Guadua (G. inermis, G. amplexifolia y G. tuxtlensis) genéticamente diferenciadas? 2) ¿Presenta G. inermis bajos niveles de diversidad genética? 3) ¿Cuál es la contribución relativa de los factores geográficos y ambientales en la estructura genética de G. inermis? Especies de estudio: G. amplexifolia, Guadua inermis y G. tuxtlensis. Sitio y años de estudio: En 2014 y 2015, colectamos muestras de G. inermis en Puebla y sureste de México; G. amplexifolia en Veracruz y Oaxaca, y G. tuxtlensis en el sureste de Veracruz. Métodos: Amplificamos exitosamente cinco marcadores SSR de un total de nueve y genotipificamos 155 muestras. Resultados: Las tres especies analizadas están genéticamente diferenciadas. G. inermis presentó altos niveles de diversidad genética, y superiores a otras especies de monocotiledóneas. Los niveles de diferenciación genética fueron altos y se detectaron tres grupos: norte, sur y centro. Encontramos una asociación significativa entre las distancias genéticas con la temperatura máxima del mes más caliente, pero no con la distancia geográfica. Conclusiones: Nuestro trabajo es el primer estudio que evalúa los niveles de diversidad genética en bambúes mexicanos y confirma su identidad taxonómica. G. inermis tiene una estructura genética alta, incluso cuando las poblaciones están cerca geográficamente.

Abstract Background: The Neotropical woody bamboos (NWB) comprise a clade native to the Western Hemisphere. Taxonomically the NWB are classified into three subtribes: Arthrostylidiinae, Chusqueinae, and Guaduinae. These woody bamboos are distributed from northern Mexico and the West Indies to south-central Chile and Argentina and from sea level to over 4,000 m in elevation. The most recent comprehensive treatment of the diversity and classification of NWB was published just over 20 years ago, and knowledge of the NWB has greatly increased in the interim. Questions and / or Hypotheses: How much has our knowledge of Neotropical woody bamboo diversity, distribution and classification changed in the last 20 years? Results: The present work reviews the current state of Neotropical woody bamboo taxonomy and provides 1) new morphological keys (in English and Spanish) to and synoptic descriptions of the NWB genera; 2) an updated comprehensive species list; and 3) a biodiversity analysis by country and habitat type. Neotropical woody bamboo diversity presently totals 446 species in 23 genera. In the 21st century, 103 new species and five genera of NWB have been described. Conclusions: The new species and genera described since 2000 have produced an increase in species richness of 29.5 % and a net increase in generic richness of 26.3 %. This new review will be useful for systematists, ecologists, conservation biologists and others working with woody bamboos in the Neotropics.

Resumen Antecedentes: Los bambúes leñosos neotropicales (NWB) pertenecen al clado nativo de América. Taxonómicamente los NWB se clasifican en tres subtribus: Arthrostylidiinae, Chusqueinae, y Guaduinae. Estos bambúes se distribuyen desde el norte de México y las Indias occidentales hasta el Sur - Centro de Chile y Argentina, y desde el nivel del mar hasta por encima de los 4,000 m. El tratamiento más completo de la diversidad y clasificación de los NWB fue publicado hace 20 años y el conocimiento de los NWB se ha incrementado desde entonces. Preguntas y/o Hipótesis: ¿Cuánto ha cambiado nuestro conocimiento de la diversidad, distribución y clasificación de los bambúes leñosos neotropicales en los últimos 20 años? Resultados: En en este estudio se realiza una revisión del estado actual de los bambúes leñosos neotropicales y se provee 1) nuevas claves morfológicas (inglés y español) y una descripción sinóptica a nivel de géneros; 2) una lista completa y actualizada de las especies; y 3) un análisis de la biodiversidad por país y tipo de hábitat. La diversidad total de los bambúes leñosos neotropicales actualmente es de 446 especies y 23 géneros. En este siglo 21, se han descrito 103 especies y 5 nuevos géneros. Conclusiones: Las especies y géneros nuevos descritos desde el 2000 han producido un incremento en la riqueza del 29.5 % y un incremento neto a nivel genérico del 26.3 %. Esta nueva revisión será útil para los taxónomos, ecólogos, biólogos de la conservación y otros que trabajen con bambúes leñosos en el Neotrópico.

Abstract A 31-year-old male patient developed an ulcer on the glans penis that evolved for three months without healing. We diagnosed it as leishmaniasis using polymerase chain reaction. No immunosuppression or associated diseases were observed. The patient was treated with meglumine antimoniate that cured the lesion in a month post-treatment. Here, we report this case of cutaneous leishmaniasis lesion at the unusual location of glans penis in an immunocompetent individual. The lesion likely developed due to the bite of a vector, highlighting the need for considering cutaneous leishmaniasis among differential diagnosis of sexually transmitted diseases in areas endemic for leishmaniasis.

Abstract: Background: GenBank is a public repository that houses millions of nucleotide sequences. Several software have been developed to extract information stored in GenBank. However, none of them are useful to extract and organize GenBank accession based on metadata. We developed a new script called Datataxa, which works to mine GenBank information. The checklist of the Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes (FBRA) was used as a case study to apply our script. Questions: How many species occurring in the FBRA have records in GenBank? What percentage of those records have been used for phylogenetic, phylogeographic, phylogenomic, barcoding, genetic diversity, and biogeographic studies? Methods: Datataxa was written in AutoIt Scripting Language in order to facilitate the extraction of information from GenBank. This information was classified in six study categories. A checklist of species published fascicles of FBRA was used as study case to apply our new script, and the previous categories were applied to the FBRA species list. Results: The script allowed us to search for meta information, like publication titles, for 2,558 species that were included in the FBRA. Of these, 1,575 had a least one record in GenBank. A total of 1,322 species were used in phylogenetic studies, followed by barcoding studies (326) and biogeographic studies (298). Phylogenomic (41), phylogeographic (34), and diversity studies (34) were the least represented. Conclusions: Datataxa was useful for mining metadata sequence information from GenBank and can be used with any list of species to get the GenBank accessions’ metadata.

Resumen: Antecedentes: GenBank es un repositorio público de millones de secuencias nucleotídicas. Se han desarrollado varios programas para extraer la información almacenada en GenBank. Ninguno de ellos es útil para extraer y organizar información de los metadatos de las entradas de GenBank. Desarrollamos un nuevo script llamado Datataxa, que extrae metainformación de Genbank. El listado de la Flora del Bajío y de Regiones Adyacentes (FBRA) fue utilizado como caso de estudio, para probar nuestro script. Pregunta: ¿Cuántas especies de la FBRA tienen registros en GenBank? y ¿Qué porcentaje de esos registros se han utilizado en estudios de filogenética, filogeografía, filogenómica, código de barras, diversidad genética y biogeografía?. Métodos: Datataxa está escrito en lenguaje AutoIt Scripting Language para facilitar la extracción de información de GenBank. La información extraída de GenBank fue clasificada en seis categorías. La lista preliminar de especies de la FBRA fue utilizada como caso de estudio para aplicar nuestro script. Estas categorías fueron aplicadas a la lista de especies de la FBRA. Resultados: El script nos permitió extraer y organizar la información de lo metadatos, como los títulos de publicación de 2,558 especies que están incluidas en la FBRA, 1,575 de esas especies tienen registros en GenBank. 1,322 fueron de estudios filogenéticos, seguido de código de barras (326) y biogeografía (298). Filogenómica (41), filogeografía (34) y diversidad genética (34), tuvieron menos representación. Conclusiones: Datataxa trabajó muy bien extrayendo los metadatos de las secuencias de Genbank. Datataxa puede ser utilizado en cualquier lista de especies para extraer los metadatos de GenBank.

Abstract: Background: Worldwide only 45 bamboo species are considered economically important. Guadua inermis and Otatea acuminata are two bamboo species that are economically important in different areas of Mexico. Question: How climate change is affecting the distribution of these species and where are the priority areas that should be considered for conservation refuges. Studied species: We consider Guadua inermis and Otatea acuminata, both endemic to Mexico, as potentially economic priority species. Both are used in rural communities for different purposes. Both inhabit tropical sub-deciduous, deciduous and dry oak forests, and are extracted exclusively from wild populations. Study site and years of study: Mexico and Central America. Data considered have different temporality depending on the source of collections and databases; localities were recorded until 2015. Methods: The potential geographic distributions of Guadua inermis and Otatea acuminata were modeled to investigate the possible effects of climate change under different scenarios and to identify their potential future distributions and potential plantation management. Results: Our results showed a likely reduction of the current potential distributions when both species are projected into future scenarios of climate change. G. inermis will lose between 9.5 and 42.3 % of its current distribution under RCP 4.5 and 8.5 respectively. Meanwhile, O. acuminata would lose between 14.2 and 22.3 % of its current distribution under the same climate scenarios.